Un premier contrôle de la qualité a lieu lors de la récolte manuelle. Seules les cerises arrivées à maturation sont cueillies. Elles sont ensuite préparées de différentes façons (méthode lavée ou sèche). Ensuite, les grains de café sont épluchés, nettoyés, triés et mis dans des sacs dans le pays producteur.
Cette transformation aboutit à des qualités d'exportation très différentes. Des échantillons sont prélevés et examinés à intervalles réguliers dans toute la chaîne logistique. Le café vert n'est transporté par bateau qu'après la validation d'un échantillon prélevé juste avant l'expédition par les acheteurs.